Ο αρχηγός της Αλ Κάιντα Αϊμάν αλ-Ζαουάχρι κάλεσε με ηχητικό του μήνυμα του Σύρους τζιχαντιστές και αντικαθεστωτικούς να σταματήσουν αμέσως τις αδελφοκτόνες συγκρούσεις. Απευθυνόμενος προς όλες "τις ομάδες του ιερού πολέμου και προς κάθε ελεύθερο άνθρωπο που μάχεται για την ανατροπή του Ασαντ", ο αρχηγός της Αλ Κάιντα ζητεί "τον άμεσο τερματισμό των μαχών μεταξύ αδελφών".

Ο Ζαουάχρι, του οποίου το μήνυμα συμπίπτει με τη διεξαγωγή της ειρηνευτικής διάσκεψης της Γενεύης 2 για τη Συρία, καλεί τους τζιχαντιστές και σχηματίσουν κοινό μέτωπο εναντίον "του εχθρού σας, κοσμικού και θρησκευτικού, που υποστηρίζεται από τις δυνάμεις των Ραφίντα (σιίτες), των Σαφαβιδών (με αναφορά στο Ιράν) όπως και τη Ρωσία και την Κίνα".

Πολλοί συνασπισμοί σύρων ανταρτών, εξοργισμένοι από τις ωμότητες που αποδίδονται στους τζιχαντιστές του Ισλαμικού Κράτους στο Ιράκ και στο Λεβάντε και από τη βούληση τους για ηγεμονία έστρεψαν τα όπλα τους στις αρχές Ιανουαρίου κατά της οργάνωσης αυτής της Αλ Κάιντα στις περιοχές που τελούν υπό τον έλεγχο της εξέγερσης στη βόρεια Συρία.

Οι μάχες μεταξύ πρώην συμμάχων στον πόλεμο κατά του συριακού καθεστώτος έκτοτε έχουν προκαλέσει τον θάνατο 1.100 ανθρώπων, σύμφωνα με το Συριακό Παρατηρητήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων.

Η οργάνωση του Ισλαμικού Κράτους στο Ιράκ και στο Λεβάντε κατηγορείται συχνά, κυρίως από την αντιπολίτευση, για σειρά ωμοτήτων, μεταξύ τους απαγωγές και δολοφονίες αμάχων και ανταρτών αντιπάλων τους.

Ο εθνικός συνασπισμός της συριακής αντιπολίτευσης κατηγορεί την οργάνωση αυτή επίσης ότι παίζει το παιχνίδι του καθεστώτος του προέδρου Μπασάρ αλ Ασαντ.

Το ισχυρό Ισλαμικό Μέτωπο, ο πρόσφατα συγκροτηθείς από ισλαμιστές Στρατός των Μουτζαχεντίν και το (μετριοπαθές, μη ισλαμιστικό) Μέτωπο των Επαναστατών της Συρίας πραγματοποίησαν την επίθεση κατά του Ισλαμικού Κράτους στο Ιράκ και στο Λεβάντε, στην οποία αργότερα συμμετείχε το Μέτωπο Αλ-Νόσρα, η επίσημη πτέρυγα της Αλ Κάιντα στη Συρία.

Τον Νοέμβριο, ο Ζαουάχρι είχε δηλώσει ότι το Μέτωπο Αλ-Νόσρα ήταν στο εξής η μόνη πτέρυγα του δικτύου στη Συρία -αποκηρύσσοντας έτσι το Ισλαμικό Κράτος στο Ιράκ και στο Λεβάντε- μια οργάνωση του Ισλαμικού Κράτους στο Ιράκ (ISI) που πολεμά στις δύο χώρες.

Είχε διατάξει τότε τον διαχωρισμό της πτέρυγας της Αλ Κάιντα στο Ιράκ και στη Συρία σε δύο οντότητες.

"Το Ισλαμικό Κράτος στο Ιράκ και στη Συρία θα καταργηθεί" είχε δηλώσει ζητώντας η σφαίρα επιρροής του ISI να περιοριστεί στο Ιράκ, ενώ το Μέτωπο αλ-Νόσρα στη Συρία θα είναι "μια ανεξάρτητη πτέρυγα, που θα δίνει αναφορά στη γενική διοίκηση της Αλ Κάιντα".

Το Μέτωπο Αλ-Νόσρα, το οποίο κάλεσε σε κατάπαυση του πυρός για να επικεντρωθεί στον πόλεμο κατά του καθεστώτος Ασαντ, υιοθέτησε στάση ουδετερότητας στις συγκρούσεις που μαίνονται, εκτός από την περιοχή της Ράκα, όπου τα μέλη της πολεμούσαν τους αντιπάλους του Ισλαμικού Κράτους στο Ιράκ και στο Λεβάντε.