Η Εκκλησία της Παναγίας Κανάλας είναι χτισμένη σε μια από τις ωραιότερες, πευκόφυτες ακρογιαλιές της Κύθνου, εδώ φυλάσσεται η Θαυματουργός Εικόνα της Παναγίας Κανάλας.

Ο θρύλος για την εύρεση της Εικόνας αναφέρει, ότι μια έναστρη νύχτα κάποιοι ψαράδες ψάρευαν με βάρκα στον όρμο της Κανάλας. Θαύμαζαν την ψαριά τους, σταυροκοπιόντουσαν και αναρωτιόνταν αν ήταν θαύμα, καθώς έβγαζαν συνέχεια όλο και περισσότερα ψάρια. Εκεί που τραβούσαν τα παραγάδια και σιγά-σιγά η βάρκα έφτανε προς τα βράχια, ένας από τους ψαράδες αντίκρισε φως κοντά στην ακτή. Φοβήθηκαν και βιάστηκαν να βγάλουν τα παραγάδια και να φύγουν, όμως εκείνα κάπου σκάλωσαν και ήταν αδύνατο να μετακινηθούν. Ζήτησαν λοιπόν τη βοήθεια της Παναγιάς. Το φως που έβλεπαν έγινε τότε ανέσπερο και έλαμψε δυνατά. Τα παραγάδια λευτερώθηκαν, αλλά εκείνοι δεν έφευγαν, σαν κάτι να τους ωθούσε προς το φως. Πλησίασαν και το είδαν να βγαίνει μέσα από το βυθό σαν πύρινη φλόγα και πλάι του ένα πλατύ ξύλο. Ανέσυραν το ξύλο και η Παναγιά, γλυκιά, παρουσιάστηκε ζωγραφισμένη εκεί πάνω του. Γύρισαν στο χωριό, τη Δρυοπίδα και διηγήθηκαν το γεγονός.

Το νησί αναστατώθηκε και όλοι έτρεξαν ν’ ανάψουν ένα κερί στο εικόνισμα. Πήραν απόφαση να κτίσουν εκκλησιά κάπου εκεί κοντά, που βρέθηκε η εικόνα. Η Παναγία όμως παρουσιάστηκε στον ύπνο των ψαράδων και ζήτησε να κτιστεί σε άλλο μέρος ο ναός της, εκεί όπου βρίσκεται σήμερα. Ο αρχικός ναός ήταν χωματοσκεπής και μικρός. Ο ναός που υπάρχει μέχρι σήμερα, οικοδομήθηκε το 1869 μετά από κατεδάφιση του αρχικού. Η θαυματουργός εικόνα είναι μεγάλων διαστάσεων (1,00x0,80 μ.) και είναι έργο του περίφημου αγιογράφου, ιερέως Εμμανουήλ Σκορδίλη του Κρητός (1575). Το πλέον επίσημο πανηγύρι γίνεται τον Δεκαπενταύγουστο.

Τα τελευταία χρόνια συμμετέχει και το πολεμικό ναυτικό με μια φρεγάτα και άγημα ναυτών, καθώς και η μπάντα του ναυτικού. Κατά την περιφορά της εικόνας γίνεται αναπαράσταση της ευρέσεώς Της.Η Παναγιά η Κανάλα έχει κάνει πάρα πολλά θαύματα σε πιστούς που έχουν ζητήσει Tην βοήθειά Της.