Με τη δήλωση πως "δεν έχει δικαίωμα κανείς, ούτε το κράτος, να πει στο Πανεπιστήμιο να μην ιδρύσουν το εν λόγω τμήμα" ο Ανδρέας Λοβέρδος εξέφρασε και επίσημα τη στήριξη του Υπουργείου Παιδείας στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, του οποίου η Σχολή Θεολογίας σκοπεύει να λειτουργήσει τμήμα Ισλαμικών Σπουδών.

Η πρόθεση του ΑΠΘ έχει προκαλέσει θύελλα αντιδράσεων τόσο από μέλη της ακαδημαϊκής κοινότητας, όσο και από Μητροπολίτες, όπως ο Θεσσαλονίκης ’νθιμος, ωστόσο, ο Υπουργός Παιδείας μιλώντας σε τηλεοπτική εκπομπή ξεκαθάρισε πως το Υπουργείο στηρίζει την απόφαση του ΑΠΘ.

"Η σχολή αυτήέχει χαρακτηριστικά κράτους δικαίου και από την άλλη είναι ένα κάλεσμα προς τους Μουσουλμάνους Έλληνες πολίτες να σπουδάζουν στην Ελλάδα αυτά τα όποια θέλουν να σπουδάζουν. Οι Μητροπολίτες της Θράκης μου έστειλαν επιτολή τονίζοντας ότι στηρίζουν 100% αυτήν την απόφαση και μάλιστα χωρίς επιφυλάξεις. Οι φωνές που λένε όχι σε αυτό, δεν είναι οι φωνές που εκφράζουν το σύνολο της εκπαιδευτικής κοινότητας. Τον ’νθιμο, τον Μητροπολίτη της Θεσσαλονίκης, νομίζω ότι θα τον καλέσουν να άρει και αυτές τις αντιρρήσεις του. Δεν έχει δικαίωμα κανείς, ούτε το κράτος, να πει στο Πανεπιστήμιο να μην ιδρύσουν το εν λόγω τμήμα. Είναι στο πλαίσιο της επιστημονικής τους αυτοτέλειας. Συνυπολογίστε και την απόφαση του Συμβουλίου της Επικράτειας", ήταν τα ακριβή λόγια του Ανδρέα Λοβέρδου.