Το αντιρατσιστικό νομοσχέδιο έγινε η αιτία, έστω και προσωρινά, να υπάρξει ένταση στις σχέσεις εκκλησίας - κράτους. Τους τόνους έριξε ο Αντώνης Σαμαράς μετά από επικοινωνία που είχε με το Αρχιεπίσκοπο Ιερώνυμο όπου του τόνισε ότι η κυβέρνηση θα λάβει σοβαρά υπόψη της τα αιτήματα της της εκκλησίας σχετικά με το αντιρατσιστικό νομοσχέδιο. 

Τέλος, τον διαβεβαίωσε ότι δεν πρόκειται στον συγκεκριμένο νόμο να μπει διάταξη προς ψήφιση που θα αναγνωρίζει το σύμφωνο συμβίωσης για τα ομόφυλα ζευγάρια.