Την πρόταση της Κομισιόν υιοθετεί και το Συμβούλιο της ΕΕ, απέναντι στο προσφυγικό ζήτημα, καταφεύγοντας ωστόσο και η Ευρώπη στην απειλή της εξόδου της χώρας από την Συνθήκη Σένγκεν.

Το Συμβούλιο της Ε.Ε. εξέδωσε σύσταση σχετικά με την αντιμετώπιση των σοβαρών ελλείψεων που διαπιστώθηκαν κατά την αξιολόγηση της εφαρμογής στην Ελλάδα του κεκτημένου του Σένγκεν στον τομέα της διαχείρισης των εξωτερικών συνόρων. Η σύσταση προτείνει στην Ελλάδα διορθωτικά μέτρα για την αντιμετώπιση αυτών των αδυναμιών.

Οι ενέργειες που καλείται να κάνει η Ελλάδα καλύπτουν τομείς όπως οι διαδικασίες εγγραφής και ταυτοποίησης, την επιτήρηση των συνόρων στη θάλασσα, διαδικασίες ελέγχου των χερσαίων συνόρων, την ανάλυση του κινδύνου, τους ανθρώπινους πόρους, τις υποδομές, τον τεχνικό εξοπλισμό και τη διεθνή συνεργασία.

Η σύσταση αναγνωρίζει ότι η ΕΕ αντιμετωπίζει σήμερα μια άνευ προηγουμένου μεταναστευτική και προσφυγική κρίση, κάτι που σημαίνει ότι πολλά κράτη μέλη αντιμετώπισαν δυσκολίες στον επαρκή έλεγχο των εξωτερικών συνόρων σύμφωνα με το κεκτημένο του Σένγκεν.

Η σύσταση σημειώνει επίσης ότι η Ελλάδα έχει λάβει μια σειρά μέτρων για την αντιμετώπιση της κατάστασης, αλλά δεδομένης της κλίμακας της κατάστασης, απαιτούνται περαιτέρω προσπάθειες. Η συνολική λειτουργία του χώρου Σένγκεν βρίσκεται σε σοβαρό κίνδυνο. Οι δυσκολίες που αντιμετωπίζει η Ελλάδα έχουν επιπτώσεις για την ΕΕ στο σύνολό της, και πρέπει να επιλυθούν συλλογικά.

Στις 2 Φεβρουαρίου 2016, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή ενέκρινε την έκθεση αξιολόγησης του Σένγκεν για την Ελλάδα και υπέβαλε στο Συμβούλιο σύσταση για την αντιμετώπιση των ελλείψεων στη διαχείριση των εξωτερικών συνόρων.

Η έκθεση πραγματοποιήθηκε μετά από αιφνιδιαστικές επιτόπιες επισκέψεις στις παραμεθόριες περιοχές (Χίος και Σάμος) και χερσαία σύνορα (Ορεστιάδα, Φυλάκιο, Καστανιές, Νέα Βύσσα), από 10 - 13 Νοέμβριος, 2015.

Σε περίπτωση που περάσουν τρεις μήνες από τη σύσταση του Συμβουλίου χωρίς να αντιμετωπιστούν τα προβλήματα ή τα μέτρα που έλαβε το κράτος –μέλος (δηλαδή η Ελλάδα) δεν είναι επαρκή η Κομισιόν μπορεί να ζητήσει την εφαρμογή της διαδικασίας που προβλέπεται στο άρθρο 26 του κώδικα συνόρων του Σένγκεν. Ήτοι σύσταση προς το Συμβούλιο που εγκρίνεται με ειδική πλειοψηφία, ώστε να επαναφέρει τους ελέγχους στο σύνολο ή σε ορισμένα μέρη των συνόρων ενός ή περισσότερων κρατών μελών, ως λύση έσχατης ανάγκης, για χρονικό διάστημα μέχρι έξι μήνες, ενώ μπορεί να παραταθεί μέχρι και δύο χρόνια.