Η κρίση των Ιμίων κορυφώθηκε τις πρώτες πρωινές ώρες της 31ης Ιανουαρίου 1996, σε μια εποχή που η κυβέρνηση Σημίτη έκανε τα πρώτα της βήματα, φέρνοντας Ελλάδα και Τουρκία στα πρόθυρα ένοπλης αντιπαράθεσης.

Από την 25η Δεκεμβρίου του 1995 είχε ξεκινήσει η ένταση μεταξύ Ελλάδας και Τουρκίας. Ωστόσο κορυφώθηκε τις δύο τελευταίες μέρες του Γενάρη. Το χρονικό των δύο κρίσιμων ημερών, 30ης Ιανουαρίου και 31ης Ιανουαρίου του 1996, έχει ως εξής:

30 Ιανουαρίου 1996: Ο πρωθυπουργός Κώστας Σημίτης έχει τηλεφωνική επικοινωνία με τον αμερικανό πρόεδρο Μπιλ Κλίντον. Του εκφράζει την ελληνική θέση ότι η χώρα μας δεν επιθυμεί την ένταση, αλλά εφόσον προκληθεί θα αντιδράσει δυναμικά. Η κυβέρνηση δηλώνει έτοιμη να αποσύρει το άγημα, όχι όμως και την ελληνική σημαία. Στα Ίμια σπεύδουν τα πολεμικά πλοία «Ναυαρίνο» και «Θεμιστοκλής». Ο τούρκος Υπουργός Εξωτερικών δηλώνει ότι υπάρχουν και άλλα νησιά του Αιγαίου με ασαφές νομικό καθεστώς και δεν αποδέχεται την ελληνική πρόταση (αποχώρηση του αγήματος, όχι και της σημαίας).

31 Ιανουαρίου 1996

00:00 Συγκαλείται σύσκεψη στο γραφείο του Πρωθυπουργού. Ο Υπουργός Εξωτερικών, Θεόδωρος Πάγκαλος, φθάνει καθυστερημένα, επειδή παίρνει μέρος σε τηλεοπτική εκπομπή.

01:40 Στο ΓΕΕΘΑ καταφθάνουν πληροφορίες ότι τούρκοι κομάντος αποβιβάζονται στη Μικρή Ίμια.

04:30 Ελικόπτερο του Ελληνικού Πολεμικού Ναυτικού απονηώνεται από τη φρεγάτα «Ναυαρίνο» για να επιβεβαιώσει την πληροφορία. Επικρατούν άσχημες καιρικές συνθήκες.

04:50 Το πλήρωμα του ελικοπτέρου αναφέρει ότι εντόπισε περί τους 10 τούρκους κομάντος με τη σημαία τους. Δίνεται εντολή να επιστρέψει στη βάση του κι ενώ πετά μεταξύ των βραχονησίδων Πίτα και Καλόλιμνος αναφέρει βλάβη και χάνεται από τα ραντάρ. Αργότερα θα ανασυρθούν νεκρά και τα τρία μέλη του πληρώματος, ο υποπλοίαρχος Χριστόδουλος Καραθανάσης, ο υποπλοίαρχος Παναγιώτης Βλαχάκος και ο αρχικελευστής Έκτορας Γιαλοψός, σκοτώθηκαν. Σχετικά με τις αιτίες πτώσης του ελικοπτέρου έχουν διατυπωθεί διάφορες απόψεις. Η επίσημη άποψη του ελληνικού κράτους ήταν ότι το σκάφος κατέπεσε λόγω κακοκαιρίας και απώλειας προσανατολισμού του πιλότου. Ωστόσο, στην Ελλάδα υπάρχει ευρέως διαδεδομένη η άποψη ότι το ελικόπτερο καταρρίφθηκε είτε από το Τουρκικό Ναυτικό είτε από τους τούρκους καταδρομείς που υπήρχαν πάνω στο νησί και ότι το γεγονός αποκρύφθηκε, προκειμένου να λήξει η κρίση και να μην οδηγηθούν οι δύο χώρες σε γενικευμένη σύρραξη ή ακόμα και σε πόλεμο.

06:00 Οι αμερικανοί διά του Υφυπουργού Εξωτερικών Ρίτσαρντ Χόλμπρουκ επιβάλλουν και στις δύο πλευρές τη θέληση τους. «No ships, no troops, no flags» διαμηνύουν ή σε πιο κομψή διπλωματική γλώσσα να ισχύσει το status quo ante. Μέχρι το μεσημέρι της 31ης Ιανουαρίου 1996 τα πλοία, οι στρατιώτες και οι σημαίες είχαν αποσυρθεί από τα Ίμια.

Η Κρίση των Ιμίων δεν είχε συνέπειες ως προς το καθεστώς των νησιών. Ωστόσο, έδωσε αφορμή στην Τουρκία να θέσει ζήτημα «Γκρίζων Ζωνών» στο Αιγαίο, αμφισβητώντας την κυριαρχία της Ελλάδας σε αρκετά νησιά και να θέσει ένα ακόμη θέμα στην ατζέντα των ελληνοτουρκικών διαφορών. Παρόλα αυτά, η ελληνική πλευρά δεν αποδέχτηκε ποτέ την ύπαρξη τέτοιου θέματος, επικαλούμενη τις διεθνείς συνθήκες.

Τα γεγονότα στα Ίμια κλόνισαν την αξιοπιστία της ελληνικής κυβέρνησης, ειδικά όταν ο πρωθυπουργός Κώστας Σημίτης ευχαρίστησε από το βήμα της Βουλής τους Αμερικανούς για τον καταλυτικό τους ρόλο στην αποκλιμάκωση της έντασης.