Ήταν μόλις έντεκα έτων όταν οι άνανδροι τρομοκράτες έκοψαν βίαια το νήμα της ζωής στο πατέρα του Παύλο Μπακογιάννη.

Η δολοφονία του συγκλόνισε την πολιτική επικαιρότητα εκείνων των ημερών, η οποία μονοπωλούνταν από έναρξη της διαδικασίας για την παραπομπή των πολιτικών του σκανδάλου Κοσκωτά. Την ημέρα που δολοφονήθηκε συνέπεσε να εγκριθεί από την Ευρωπαϊκή Ένωση η χρηματοδότηση του προγράμματος για την Ευρυτανία, που ο ίδιος είχε καταρτίσει. Ο Μπακογιάννης πέθανε λίγα λεπτά μετά το χτύπημα και κηδεύτηκε στο Καρπενήσι, στις 29 Σεπτεμβρίου 1989 παρουσία πλήθος κόσμου, που φώναζαν συνθήματα κατά της τρομοκρατίας.

Mε ένα συγκινητικό μήνυμα,  ο γίος του,  Κώστας Μπακογιάννης ,έστειλε το μήνυμα του για την επέτειο του θανάτου του πατέρα του Παύλου Μπακογιάννη. Συγκεριμένα ο περιφερειάρχης Στερεάς Ελλάδος, δημοσίευσε στίχους του Οδυσσέα Ελύτη.

 "...Κι έχε στο νου σου έχε στο νου σου πάντοτε 
μ' ακούς; το αχ που
βγάνει ο σκοτωμός το αχ που βγάν' η αγάπη..."
Οδυσσέας Ελύτης, "Ο κήπος του Ευωχείρ"