Στις σχέσεις του με την Γερμανία αναφέρεται σε συνέντευξή του στο ένθετο της εφημερίδας "Zeit Magazin" ο Γιάννης Βαρουφάκης αλλά εκφράζει και το παράπονό του γιατί τα λεγόμενα του δεν βρήκαν απήχηση στη γερμανική κοινή γνώμη. Την  γερμανική γλώσσα την άκουγε από τα χείλη της μητέρας του, ως καθηγήτρια Γερμανικών,  την εποχή της δικτατορίας όταν άκουγε συνεχώς την Deutsche Welle αλλά και και από την αγαπημένη του τραγουδίστρια, Νίνα Χάγκεν αφηγείται και  επισημαίνει πόσο πολύ τον επηρέασε η Γερμανία στα νεανικά του χρόνια.
Όταν όμως ο δημοσιογράφος της γερμανικής εφημερίδας τον ρώτησε για το περίφημο "προτεταμένο δάκτυλο", τότε απάντησε : "Δεν θυμάμαι ακριβώς...".  
"Τα ΜΜΕ με παρουσίασαν εξαρχής ως έναν τρελό που  θέλει από τους Γερμανούς χρήματα. Τα λόγια μου δεν έχουν φθάσει στην γερμανική κοινή γνώμη" , επισημαίνει με παράπονο ο Γιάνης Βαρουφάκης στον δημοσιογράφο της γερμανικής εφημερίδας και προσθέτει: " Κι αυτό ήταν για μένα μία από τις μεγαλύτερες απογοητεύσεις της θητείας μου".
Για τους γονείς του, όπως ο ίδιος υποστηρίζει, η Γερμανία ήταν κάτι σαν πνευματικό σπίτι. Όπως ο ίδιος επισημαίνει, η  μητέρα του έχει ολοκληρώσει την εκπαίδευσή της ως καθηγήτρια Γερμανικών. Την δεκαετία του ΄70, δηλώνει "πολλά καλοκαίρια τα περάσαμε στις γερμανικές και τις αυστριακές Άλπεις. Υπάρχει μάλιστα και μία ταινία για όλη την οικογένεια όπου συνομιλώ με φίλους στα γερμανικά".