Ένα σημαντικό πρόβλημα στο Υπουργείο Πολιτισμού είναι οι απαλλοτριώσεις για αρχαιολογικούς σκοπούς, που η πληρωμή τους από το Ταμείο Αρχαιολογικών Πόρων βρίσκεται σε εκκρεμότητα. Το πρόβλημα αυτό είχε καταστεί εκρηκτικό τα τελευταία χρόνια, καθώς από το 2011 έως το 2014 η καταβολή αποζημιώσεων για απαλλοτριώσεις ουσιαστικά είχε παγώσει, με τις πληρωμές να είναι ελάχιστες και χωρίς συγκεκριμένα κριτήρια για τη σειρά προτεραιότητας.

Πλέον, όμως, η χρηστή διαχείριση του προϋπολογισμού του Ταμείου σε συνδυασμό με την αύξηση των εσόδων του, επιτρέπουν ανάμεσα στα άλλα και τη σταδιακή αντιμετώπιση του μεγάλου αυτού κοινωνικού προβλήματος.

Οι περιπτώσεις που εκκρεμούν είναι πάρα πολλές και δεν είναι δυνατόν να αποπληρωθούν μονομιάς. Εντούτοις, το 2015 έγινε μία πρώτη αρχή, με την καταβολή 3.710.796,63€, και το 2016 υπάρχει μια ακόμα πιο αποφασιστική συνέχεια, με άλλα 8.641.743,94€. Συνολικά πρόκειται για 12.352.540,57€ την τελευταία διετία, που αφορούν σε 32 υποθέσεις απαλλοτριώσεων οι οποίες, ανάλογα με την περίπτωση, μπορεί να έχουν και πολλαπλούς δικαιούχους.

Παράλληλα, το Διοικητικό Συμβούλιο και οι υπηρεσίες του ΤΑΠΑ, από κοινού με τις αρμόδιες υπηρεσίες του Υπουργείου Πολιτισμού, διαμόρφωσαν σαφή και αδιάβλητα κριτήρια για τη σειρά προτεραιότητας, ώστε να υπάρχει ίση και δίκαιη αντιμετώπιση.

Τα κριτήρια είναι τα ακόλουθα:

Προτάσσονται οι υποθέσεις με οριστική τιμή, η οποία έχει προκύψει με απόφαση Εφετείου, συμπεριλαμβανομένων των υποθέσεων με πρωτόδικες δικαστικές αποφάσεις, που για διάφορους λόγους δεν πρόκειται να εξεταστούν σε επίπεδο Εφετείου (πχ μη προσφυγή των διαδίκων στο Εφετείο).
Ακολουθούν οι απευθείας εξαγορές, δηλαδή οι υποθέσεις στις οποίες επιτυγχάνεται εξωδικαστική συμφωνία για το τίμημα.
Έπονται οι υποθέσεις με προσωρινή τιμή, η οποία έχει προκύψει με πρωτόδικη δικαστική απόφαση, για τις οποίες  εκκρεμεί η εξέτασή τους στο Εφετείο.